Épisode 23 : Passer à autre chose
La saison débute quelques minutes après la fin de la saison précédente : House et Cuddy se sont avoués leurs sentiments mutuels. L'un comme l'autre veulent faire en sorte que leur relation fonctionne, mais se heurtent à des obstacles du quotidien : leurs postes au Princeton Plainsboro, les habitudes de House, la fille de Cuddy… Ils reçoivent néanmoins le soutien de l'équipe et de Wilson.
Taub, Foreman et Chase sont surpris de découvrir la disparition de numéro Treize, sans explication. House, qui ne s'en soucie pas, doit cependant lui trouver une remplaçante, sur ordre de Cuddy. Après plusieurs essais, Cuddy choisit, à la place de House, Martha M. Masters, une étudiante en médecine avec deux doctorats en mathématiques appliquées et en histoire de l'art. Celle-ci est ravie de travailler avec House, mais son sens éthique et moral est radicalement opposé à la philosophie du diagnosticien.
La relation entre House et Cuddy atteint un certain équilibre, malgré la famille de Cuddy (sa mère et sa fille adoptive) et leurs conflits dans l'hôpital, mais le jour où Cuddy tombe malade et qu'elle doit se faire opérer, elle réalise que House a repris du Vicodin pour parvenir à supporter la situation ; Cuddy préfère rompre devant le risque pour sa fille. Commence alors une période où House replonge dans le Vicodin, l'alcool, les prostituées et les exubérances, où il va jusqu'au mariage blanc.
Un an a passé depuis le jour où numéro 13 est partie quand elle sort de six mois de prison. House prendra le temps de découvrir avec elle les raisons de son arrestation pour trafic de médicaments : elle a euthanasié son frère, lui aussi malade de la chorée de Huntington. Elle réintègre l'équipe peu avant que Martha Masters refuse le poste d'interne que House lui proposait, incapable de gérer les conflits moraux que ce travail implique.
House, désormais seul, se lance alors dans une quête pour tourner la page. Il utilisera un médicament expérimental qui aurait dû permettre de reconstituer le muscle de sa cuisse, mais la molécule crée des tumeurs mortelles. House tentera de s'opérer seul, sans succès, et il devra à Cuddy de conserver sa jambe. Cuddy et Wilson tenteront alors de pousser le diagnosticien à s'ouvrir à eux, mais lui refuse, préférant aller de l'avant plutôt que ressasser. Ce sera par un geste violent qu'il marquera son nouveau départ : en voyant que Cuddy commence à fréquenter quelqu'un d'autre, House défoncera le salon de sa patronne avec sa voiture sous les yeux effarés de Wilson, avant de partir au soleil.