Première saison (2009–2010)
1. Air, 1re partie (Air, Part 1)
2. Air, 2e partie (Air, Part 2)
3. Air, 3e partie (Air, Part 3)
4. Ombre et lumière, 1re partie (Darkness, Part 1)
5. Ombre et lumière, 2e partie (Light, Part 2)
6. Eau (Water)
7. Terre (Earth)
8. Les naufragés du temps (Time)
9. Un nouvel espoir (Life)
10. Soupçons (Justice)
11. Premier Contact (Space)
12. Mutinerie (Divided)
13. Éden (Faith)
14. Regrets Éternels (Human)
15. Seuls au Monde (Lost)
16. À la dérive (Sabotage)
17. La sommes de toutes les peurs (Pain)
18. Ennemi intérieur (Subversion)
19. L’assaut, 1re partie (Incursion, Part 1)
20. L’assaut, 2e partie (Incursion, Part 2)
Deuxième saison (2010-2011)
1. Main mise (Intervention, Part 3)
2. Retombées (Aftermath)
3. Miroir (Awakenings)
4. Influence (Pathogen)
5. Cloverdale (Cloverdale)
6. À bout (Trial and Error)
7. Pour le bien de tous (The Greater Good)
8. Sans pitié (Malice)
9. Retour d'Éden (Visitation)
10. Confrontation, 1re partie (Resurgence, Part 1)
11. Confrontation, 2e partie (Deliverance, Part 2)
12. Rush² (Twin Destinies)
13. De part et d'autre (Alliances)
14. D'un corps à l'autre (Hope)
15. Passage en force (Seizure) (Cross-over avec Stargate Atlantis)
16. La peur en face (The Hunt)
17. Les enfants du Destinée (Common Descent)
18. Novus (Epilogue)
19. Les ailes d'Icare (Blockade)
20. Une famille (Gauntlet)
Durée d'un épisode : 43 minutes
La troisième série de la franchise Stargate est basée sur la découverte et l'utilisation du neuvième chevron de la porte des étoiles.
Après avoir résolu un problème mathématique vieux de plusieurs milliers d'années, écrit dans une autre langue et caché dans un jeu vidéo, le jeune Eli Wallace (David Blue) est appelé à contribuer au projet « Porte des étoiles », en collaborant avec le professeur Nicolas Rush (Robert Carlyle) sur la base Icare, où se trouve l'énergie nécessaire à l'utilisation du neuvième chevron ; énergie provenant du coeur de la planète sur laquelle la base est installée.
Lors d'une attaque de la base, le professeur Nicolas Rush voit sa dernière chance de composer l'adresse à neuf chevrons et réussit, grâce au jeune Eli, à ouvrir un vortex stable. Les survivants débarquent sur le Destinée, un vaisseau ancien qui aurait servi à explorer les frontières de l'univers tout en suivant la trajectoire d'un premier vaisseau servant à disséminer des portes des étoiles dans l'univers. La planète abritant la base Icare est détruite durant l'attaque, ce qui les isole de la Terre.
Situé à plusieurs milliards d'années-lumière de la Terre, dirigé par le colonel Everett Young et le professeur Nicolas Rush, le groupe hétérogène des rescapés tente alors de survivre sur le vaisseau, dont la plupart des systèmes sont vétustes et peuvent lâcher à tout moment. Une panne du système de renouvellement de l'air apparaît ainsi quelques heures après leur arrivée.
Le 16 décembre 2010, SyFy a annoncé qu'elle arrêtera la diffusion de la série à la fin de la saison 2. Il fut un temps envisagé de produire un téléfilm pour terminer la série, mais en avril 2011 fut annoncé que même ce projet ne pourrait voir le jour, signifiant ainsi la fin de Stargate Universe, ainsi que l’arrêt (du moins à court terme) de l’exploitation de l’ensemble de la franchise Stargate.
